Real-time PCR-based quantification of Toxoplasma gondii in tissue samples of serologically positive outdoor chickens

This study aimed to quantify Toxoplasma gondii in tissue samples of serologically positive chickens using real-time polymerase chain reaction (PCR). Of 65 chickens evaluated, 28 were positive for T. gondii antibodies. Brain and heart samples were collected from 26 seropositive chickens and DNA was extracted using Trizol® and amplified using real-time PCR with SYBR® Green. Parasite DNA was detected in 24 of the 26 samples analyzed; the number of positive tissue samples and the parasite quantity did not differ between tissue types. The results confirmed the analytical sensitivity of parasite detection in chicken tissue samples and demonstrated the possibility of using other molecular systems for genotypic analysis.

Uso da bioinformática na diferenciação molecular da Entamoeba histolytica e Entamoeba díspar / Molecular discrimination of Entamoeba histolytica and Entamoeba disparby bioinformatics resources

Amebíase invasiva, causada por Entamoeba histolytica, é microscopicamente indistinguível da espécie não-patogênica Entamoeba dispar. Com auxílio de ferramentas debioinformática, objetivou-se diferenciar Entamoeba histolytica e Entamoeba dispar por técnicas moleculares. A análise foi realizada a partir do banco de dados da National Center for Biotechnology Information; pela pesquisa de similaridade de sequências, elegeu-se o gene da cisteína sintase. Um par de primer foi desenhado (programa Web Primer) e foi selecionada a enzima de restrição TaqI (programa Web Cutter). Após a atuação da enzima, o fragmento foi dividido em dois, um com 255 pb e outro com 554 pb, padrão característico da E. histolytica.Na ausência de corte, o fragmento apresentou o tamanho de 809 pb, referente à E. dispar.

Under microscopic conditions, the invasive Entamoeba histolytica is indistinguishable from the non-pathogenic species Entamoeba dispar. In this way, the present study was carried out to determine a molecular strategy for discriminating both species by the mechanisms of bioinformatics. The gene cysteine synthetase was consideredfor such a purpose by using the resources of the National Center for BiotechnologyInformation data bank in the search for similarities in the gene sequence. In this way, a primer pair was designed by the Web Primer program and the restriction enzyme TaqI was selected by the Web Cutter software program. The DNA fragment had a size of 809 bp before cutting, which is consistent with E. dispar. The gene fragment was partitioned in a first fragment with 255 bp and a second one with 554 bp, which is similar to the genetic characteristics of E. histolytica.

Validação do método de detecção de Chlamydia trachomatis por Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real / Validation of a Chlamydia trachomatis detection method by Real Time Polymerase chain reaction

Infecções causadas por Chlamydia trachomatis são recentemente reconhecidas como as mais prevalentes e estão entre as mais prejudiciais doenças sexualmente transmissíveis (DST) no mundo. A ausência de sintomas dificulta o diagnóstico clínico das infecções clamidiais. Um dos desafios na prevenção das infecções causadas por C. trachomatis é a disponibilidade de diagnósticos laboratoriais com alta sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade. No presente estudo, foi comparado o desempenho do testes de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) COBAS Amplicor® Chlamydia trachomatis (Roche) e PCR em tempo real (SYBR® – Green), usados para detecção de Chlamydia trachomatis em espécimes de urina e secreções urogenitais. O COBAS Amplicor® (Roche) é umteste de PCR convencional e foi usado como ferramenta para controle e teste de padrão ouro para diagnóstico no presente trabalho. Um total de 136 amostras de secreção endocervical (61), secreção uretral (14) e urina (61), foram obtidas de pacientes submetidos a testes de detecção de Chlamydia trachomatis no Laboratório Alvaro S/A. Os métodos de PCR em tempo real e COBAS Amplicor® (Roche)foram igualmente sensíveis para o diagnóstico de C. trachomatis em amostras de secreção uretral. Entretanto, em análises de urinae secreção endocervical o teste COBAS Amplicor® (Roche) mostrou 57% e 33% de positividade, respectivamente, contra 47% e 24% de positividade obtidos para as mesmas amostras usando a PCR em tempo real. A maior sensibilidade (100%) obtida usando-seo ensaio de PCR em tempo real, foi em análises das amostras de secreção endocervical. A PCR em tempo real, comparada com o teste padrão ouro, mostrou uma alta especificidade (100%) e um valor preditivo positivo de 100% para as diferentes amostras clínicas estudadas. Em conclusão, os dados apresentados neste estudo indicam que a PCR em tempo real mostrou um alto desempenho para detecção de C. trachomatis em diferentes espécimes clínicos...

Infections caused by Chlamydia trachomatis are now recognized as the most prevalent and are among the most damaging of all sexually transmitted diseases (STD) worldwide. Lack of symptoms makes clinical diagnosis of chlamydial infection difficult. One of the challenge in the prevention of C. trachomatis infections is the availability of laboratory diagnostics with high sensitivity, specificity and reliable. In the present study, the performance of conventional polymerase chain reaction (PCR) and Real-time PCR (SYBRR –Green) tests used for detection of Chlamydia trachomatis in urine and urogenital specimens were compared. The COBAS AmplicorR (Roche) is a conventional PCR and was used as a tool of control and gold standard test for diagnosis in this work. A total of 136 samples of endocervical secretion (61), uretral secretion (14) and urine (61), were obtained from patients submitted of Chlamydia trachomatis detection tests of Laboratório Alvaro S/A. Real-time PCR (SYBRR –Green) and COBAS AmplicorR Chlamydia trachomatis Test (Roche) methods were equally sensitivity for diagnostic of C. trachomatis in uretral secretion samples. However, in analyses of the urine and endocervical secretion samples the COBAS AmplicorR test displayed 57% and 33% of positivity, recpectively, against 47% and 24% of positivity obtained for the same samples using Real-time PCR. The highest sensibility (100%) using Real-timePCR assay was obtained in analyses of endocervical secretion samples. Real-time PCR, comparing with our gold standard showed a high spedificity (100%) and a positive predictive value of 100% for different clinical samples studied. In conclusion, the data presented in this study indicate that PCR - Real time have shown a high performance for detection of C. trachomatis in different clinical specimens. Moreover, this method can be used as a powerful tool in diagnostic and epidemiological investigation of infection associated with C. trachomatis.